Bei mehrstufiger Kommissionierung werden mehrere Aufträge zu einem Batch zusammengefasst. Diese Aufträge werden so aufbereitet, daß in der ersten Kommissionierstufe eine greif- und wegoptimale Entnahme der Artikelmengen möglich ist. In einer zweiten, für spezielle Anwendungen auch erst in der dritten Kommissionierstufe, werden diese Artikelmengen auf die Aufträge verteilt. Die zweite Kommissionierstufe kann im einfachsten Fall durch manuelle Verteilung auf bereitgestellte Auftragsbehälter erfolgen. Moderne Hochleistungskommissioniersysteme verwenden für die zweite Kommissionierstufe Sortieranlagen. Die mehrstufige Kommissionierung reduziert die Weg- und Entnahmezeit beim Kommissionieren in der ersten Stufe. Ein Teil dieser Einsparungen wird aber durch den zusätzlichen Handlings-Vorgang in der zweiten Kommissionierstufe wieder aufgebraucht